自分が使っているのはGenie Timeline Free版というやつですが、アドベンチャーゲームとの相性問題がありますね。
ゲームの最中もバックアップソフトは動いてて、既読フラグファイルの変更を検知してバックアップし始めるのですが、ファイルのバックアップが完了するまでの間、書き換えを禁止するわけです。で、そのあいだに既読フラグを更新しようとして、ファイルが書き換えられずにエラーになる、という流れのようです。
アトリエかぐやの「姉です。
プレイの時や、大きなファイルにパッチを当てるときは自動バックアップを一時停止させるのが確実のようです。